Existen diversas formas de realizar una conexión a una base de datos MySQL en PHP, en la actualidad la extensión PDO es la más segura y estable; Recalcar que PDO solo esta disponible a partir de la versión 5.0 de PHP.

La estructura de conexión PDO es bastante sencilla y fácil de comprender:

Tomando de referencia la estructura, el código que necesitamos para conectarnos es el siguiente

try {
  # Conexión a MySQL
  $cn = new PDO("mysql:host=localhost;dbname=prueba", "usuario", "password");
}
catch(PDOException $e) {
    echo $e->getMessage();
}

Ejemplo práctico

Para comprender mejor vamos a realizar un pequeño proyecto de prueba, para poder conectarnos a MySQL por medio de PDO. Veremos el listado de datos de una tabla de una base de datos.

La tabla tiene la siguiente estructura:

Ahora veremos un sencillo código que con estructura PDO que nos ayudara a realizar el listado de datos.

try {
	//Creamos la conexión PDO por medio de una instancia de su clase
	$cnn = new PDO("mysql:host=localhost;dbname=prueba","root","");

	//Preparamos la consulta sql
	$respuesta = $cnn->prepare("select * from usuarios");

	//Ejecutamos la consulta
	$respuesta->execute();

	//Creamos un array donde almacenaremos la data obtenida
	$usuarios = [];

	//Recorremos la data obtenida
	foreach($respuesta as $res){
		//Llenamos la data en el array
	    $usuarios[]=$res;
	}

	//Hacemos una impresion del array en formato JSON.
	echo json_encode($usuarios);

} catch (Exception $e) {

	echo $e->getMessage();
	
}

Finalmente el resultado que obtendremos en el navegador será el siguiente:

Para conseguir que los datos json se vean formateados en nuestro navegador chrome hacemos uso de la extensión JSONView.

Puedes realizar la descarga de este proyecto: conexionpdo.zip